黑铁叛军的覆灭
虽然盟军暂时撤出黑铁山区，但是方舟并没打算放弃，而是打算发动更强劲的攻势，一口气解决黑铁叛军，为此方舟向黑铁山区增派了更多的援军并挑选了新的军团指挥官：年轻的伯恩来指挥这支以指挥官名字命名的新军团。
伯恩并没有急于发动进攻，他清楚的知道号称比黑铁还要坚固的黑铁要塞并不是轻易就能攻克的，他希望用最小的代价换取最大的胜利。伯恩很快有了办法：黑铁要塞被盟军长期围困，补给消耗接近极限，对补给物资的迫切需求成了黑铁叛军最大的破绽。于是伯恩让他的军团做出后撤的假象，然后用一支运输车队成功地将迫不及待的叛军骗出了要塞，最后指挥部队迅速回击，将叛军分割包围，进而一举攻占黑铁要塞。最终，历时一年的黑铁之战以叛乱者金眼畏罪自杀、伯恩军团的全面胜利而告终。
合金之战
黑铁之战的胜利使盟军重新获得了稳定和后方生产线，但出人意料的是：黑铁叛军并没有从世界上消失，相反，通过左格的改造之后他们变得更强大，左格给了这些黑铁士兵更强的能力和不死的意志，并将金眼复活过来继续指挥他的部下。为了洗刷战败的耻辱，金眼积极主动的请求对盟军发动全面进攻。左格和他的亲信们也一致认为决战的时机已经成熟，期待已久的时刻终于来临。
当盟军统帅部信心满满地期待下一场胜利的时候，复活军团以迅雷不及掩耳之势从东、西、北三个方向发动突袭，准备不足的盟军防线很快被突破，联盟守军仓惶后撤，城市和要塞一个接一个落入敌手，一个月之后，复活军团的前锋已经抵达合金要塞。合金要塞是盟军最坚固的堡垒也是最重要的军事枢纽，一旦失守将意味着战争的全面失利。当伯恩带着他的伯恩军团赶到合金要塞的时候，方舟知道整个联盟能依靠的也只有这个年轻的军团了。伯恩抵达合金要塞的第一天，迎接他的就是铺天盖地的狂轰烂炸，左格亲自指挥了这场关键战役，同行的还有他的女儿明菁。
战斗一天比一天激烈，伯恩的士兵们虽然一直在不屈不饶的顽强抵抗着复活军团不知疲劳的疯狂进攻，但是伯恩知道敌人的目的就是要让持续的伤亡拖跨他的军团，如果不能扭转局势的话，他们将和这座要塞一起被碾成粉末。伯恩反复思考之后决定放手一搏，方舟同意了他的计划，并表示尽力提供他所要求的援助。
拂晓时分，趁着敌人进攻的间歇，伯恩率领着他最精锐的士兵突然冲出合金要塞，向左格的指挥中心发动突袭，同时方舟派来的援军也从外围发动佯攻来制造混乱。然而伯恩这次失算了，当士兵们冲进空无一人的指挥中心之时才猛然发现他们钻进了一个可怕圈套，他们早已陷入重重包围之中，绝望的伯恩接受了左格的条件：用他的灵魂来换取士兵们的生命。
清晨，合金要塞上空盟军的旗帜黯然坠落，宣告着合金要塞的陷落。
伯恩
左格非常欣赏伯恩军事才华，所以打算将他变成自己的部下，帮助复活军团彻底打败人类的盟军。然而，让左格想不到的是伯恩顽强的意志力竟然能够抵抗他的复仇意志，让他始终无法完全控制伯恩。计划失败的左格只好将伯恩囚禁在合金要塞里，慢慢消磨他不屈的意志。
被囚禁的伯恩并没有如左格希望的那样日渐消沉，他始终在寻找答案，究竟是谁背叛了盟军，这些复活的军团究竟有什么致命弱点？
左格将伯恩抛在一边，继续策划他的进攻计划，忙碌的他却忽略了女儿微妙的变化。
明菁
历经了那场灾难之后，明菁失去了一个年轻女子所有的梦想，她把自己看做一个丑陋的机器，每天都只是机械的帮助父亲整理文件，有时候她甚至会怨恨她的父亲复活了她，一个丑陋的变异生物。
第一次见到伯恩是在他被俘的那个清晨，伯恩缓缓的垂下手臂，在金色的阳光里如释重负轻轻呼出一口气，然后用异常平静的语调给他的部队下达了最后一条命令：放下武器，投降。那一瞬间，明菁觉得他并不是个失败者，反而更象个英雄。
当父亲要将伯恩变成他们中的一份子的时候，明菁的心理变得很矛盾，有点期望，又有些担心；当伯恩抵抗了复仇意志的时候，她又仿佛暗暗替他高兴……面对自己的变化，明菁有些兴奋，然而更多的却是悲哀，如果……如果只能是如果，现实是残酷无情的同时也无法改变。
终章
方舟不敢相信伯恩还能突然出现他的办公室，面对着伯恩刀锋般锋利的眼神，这个曾经叱诧风云的统帅无力地倒在他的办公椅里。原来左格在合金战役之前抓获了方舟的家人，在左格的胁迫和诱惑下，方舟终于被他控制而背弃了自己的信仰，葬送了伯恩的军团……
第二天，伯恩被告之方舟在夜里饮弹自杀，原因不明。在他的遗书里推荐伯恩接替他的统帅职位。
伯恩最终并没有将方舟的背叛公之于众，在接替了统帅职位之后，他马上调集了最精锐的军队进行长途奔袭，在复活军团反应过来之前，直捣左格隐藏于冰川之下的复活基地。在遥远的北方冰川，盟军突击军团打响了一场艰苦卓绝的战役，虽然左格的助手马克凭借着天然屏障殊死抵抗盟军的进攻，但依然无法改变其灭亡的命运，盟军不惜代价地占领冰川基地之后又横扫了罗特军工厂，左格眼睁睁地看着自己的基地和左右助手先后覆灭却无能为力，因为他被更多的盟军部队死死地牵制在合金要塞。
最后伯恩成功地摧毁了复活军团的再生能力，接着又迅速回师，将左格和他的复活军团包围在合金要塞。面对失败的命运，左格疯狂的决定与盟军同归于尽，在最后关头，明菁再次倒向伯恩一边，制止了父亲的毁灭行为。女儿的倒戈相向最终完全击垮了左格，绝望的他毁灭了自己毁灭了他的复活军团。而明菁也随着父亲去到了他们本应该去的地方，永远地从世界上消失，不再复活。
终于，一切都结束了，伯恩却久久不能平静，如果明菁没有偷偷地放走他，并告诉他方舟的叛变和复活军团的秘密，结局将会变成怎样，谁也不会知道，如果说真的有英雄存在的话，那应该是世间的善良和正义吧。